服務器操作系統可以實現對計算機硬件與軟件的直接控制和管理協調。任何計算機的運行離不開操作系統，服務器也一樣。服務器操作系統主要分為四大流派：Windows Server、Netware、Unix、Linux。

Windows Server

重要版本Windows NT Server 4.0、Windows 2000 Server、Windows Server 2003、Windows Server 2003 R2、Windows Server 2008 、Windows Server 2008R2 、Windows Server 2012。Windows服務器操作系統派應用，結合.NET開發環境，為微軟企業用戶提供了良好的應用框架。

Netware

在一些特定行業和事業單位中，NetWare優秀的批處理功能和安全、穩定的系統性能也有很大的生存空間。NetWare常用的版本有Novell的3.11、3.12、4.10、5.0等中英文版。

Unix

Unix服務器操作系統由AT&T公司和SCO公司共同推出，主要支持大型的文件系統服務、數據服務等應用。市面上流傳的主要有SCO SVR、BSD Unix、SUN Solaris、IBM-AIX、HP-U、FreeBSDX 。

Linux

Linux操作系統雖然與UNIX操作系統類似，但是它不是UNIX操作系統的變種。Torvald從開始編寫內核代碼時就仿效UNIX，幾乎所有UNIX的工具與外殼都可以運行在LINUX上。

Windows NT有3.1．3.5．3.51與4.0版。

Windows 2000是Windows NT的改進系列（事實上是Windows NT 5.0）、Windows XP（Windows NT 5.1）以及Windows Server 2003（Windows NT 5.2）、Windows Vista（Windows NT 6.0）、Windows 7(Windows NT 6.1）也都是立基于Windows NT的架構上。

而本年代漸漸增長并越趨復雜的嵌入式設備市場也促使嵌入式操作系統的成長。

大型機與嵌入式系統使用很多樣化的操作系統。大型主機有許多開始支持Java及Linux以便共享其他平臺的資源。嵌入式系統百家爭鳴，從給Sensor Networks用的Berkeley Tiny OS到可以操作Microsoft Office的Windows CE都有。